要运用船只首先需要建造并更新船坞，这是水域作战的基础设施。船坞等级决定了可建造的船只类型和数量，基础船坞仅能提供走舸，更新后方可解开蒙冲、斗舰和楼船等顶级船只。建造顶级船只需要消耗相应的资源和时刻，因此在水战方法开始前优先更新船坞是顺利进行后续建造和改装的前提。船只不仅是水上机动的载具，更能为搭载的队伍提供诸如提高行军速度、增加战斗伤害或恢复伤兵等额外的属性加成和战略效果。

选择合适的船只类型并组合相应的队伍是发挥水上作战优势的决定因素。不同类型的船只定位迥异，走舸适用于初期过渡；蒙冲侧重机动性，适合执行突袭和骚扰；斗舰攻守较为均衡，是常规水战的主力；楼船则拥有高耐久、高攻城值和强大的驻守能力，常用于决定因素水域的持久争夺。在实际组合时，需思考队伍特性，例如爆发型队伍可配合蒙冲的加速效果，而侧重于减伤和恢复的持久战队伍则和斗舰更为匹配。顶级的楼船还能为友军提供水军适性提高的效果，弥补部分武将的水战短板。

水上作战遵循和陆地不同的独特制度，领会这些制度是有效运用船只的核心。部队通过渡口进入水路后，行军相遇便会立即触发战斗，且无需连地即可攻击沿岸建筑。水域中存在水军营地、锚地等重要据点，占领后能显著提高队伍的作战和恢复能力。火攻是水战中的一种重要战略机制，利用风给和火焰蔓延可制造范围伤害。水上还存在特殊的战略指令体系，例如焚舟指令能对敌方水军营地造成额外伤害，渡江指令可使部队获取短时刻的隐身和先攻优势，这些指令为水战策略增添了层次。

船只的改装、维护和武将培养是提高水军综合战力的重要环节。船只可在船坞中进行不同路线的改装，每种改装能赋予舰队特殊的技能效果，但同一队伍同时只能激活一种改装。船只的耐久度会在战斗中消耗，被摧毁后需要从头建造，因此需在交战中注意对高价格单位的保护。在水域中，部队无法像在陆地一样随时停留恢复士气，只能在占领后的锚地进行休整，锚地能大幅加快士气恢复速度并即时恢复部分伤兵。全部武将均可通过消耗操练点来提高其水军适性等级，适性从C到S共分四级，等级提高会直接带来相应的属性加成，这打破了吴国武将在水战中的传统优势。