重返地热山谷西北侧山脊是进入被淹没的档案室的决定因素，你需要从获取亚特兰蒂斯地图的那个观测站的右侧利用滑索垂直下降，并运用爆炸物炸开一扇挡路的木门，这样才能正式进入档案室的寻觅区域。进入大厅后，首要目标是获取阿特拉斯地图，但在此经过中会遭遇敌人，场景中分布的希腊火罐可以作为有效的战斗资源。清理完初始敌人后，后续区域会出现配备重甲和火焰喷射器的敌人，利用环境中的爆炸物和合理的战略位置进行应对是顺利推进的前提。

档案室内的核心谜题是运用希腊火破坏三处雕像基座，总共需要进行三次爆破操作。第一处支座位于大厅附近，通常旁边就有可用的希腊火罐，直接引爆即可。第二处支座需要你游泳到水池对岸，操作壹个闸门释放漂浮的希腊火罐，并引导其通过水道；你需要用套索箭连接罐子和岸边的木桩来调整其漂流路线，确保罐子能顺利抵达支座旁边再将其引爆。第三处则涉及壹个天平机关，操作流程相对复杂：先STG摇臂将其拉近，绑定壹个火罐使其一端下沉，接着将另一侧的摇臂也拉近并绑定第二个火罐以使天平恢复平衡，最后转动机关并将绳索割断，火罐便会沿预定途径滚落并摧毁最后壹个支座。

你会经过一段燃烧的水道，此时必须连续加速潜泳以通过危险区域，并注意避开也许爆炸的油桶。成功穿过该区域后，可以在壹个换气点找到一具敌人尸体，从中获取无限潜水呼吸器，这件装备将极大扩展你在水下的行动能力。你便正式进入被淹没的档案室的主区域，开始着手化解雕像支座的爆破谜题。

成功破坏全部三处支座后，巨大的雕像会按照预定路线倒塌，从而在水池中形成一道可以通行的斜坡或桥梁，这是你离开档案室封闭区域、继续推进进度的唯一通路。通过这条新生成的途径，你可以前往后续的地图区域，同时这也意味着档案室的核心流程挑战基本完成。